蘭嶼的動物資源包含了台灣及菲律賓兩大生態體系，但又較偏向後者；而海島的隔離環境，又孕育出特有（亞）種，因此呈現與台灣截然不同的鳥類資源。再加上擁有森林、水田、野溪、草地及海岸等多樣複雜的棲地，所以鳥類種類豐富，超過1百種的紀錄。尤其一些台灣不易見到、或特有亞種的鳥類，如黑綬帶、蘭嶼角鴞等，每年皆吸引無數愛鳥人士。

島上的鳥類以留鳥種類佔多數，原始林是蘭嶼鳥類最豐富的地方。在台灣極少見的棕耳鵯及長尾鳩，在蘭嶼卻是分佈普遍的鳥類，前者常成群活動，不時發出聒噪的叫聲；後者因生性敏感，再加上良好的保護色，所以反而不易觀察；還有個子嬌小的巴丹綠繡眼，數量頗多，可以輕易看到他們在枝椏間跳躍的身影。而最令人驚豔的，莫過在島上繁衍後代的著紫綬帶，公鳥泛著光澤的藍黑色羽毛，配上長長的尾羽，猶如尊貴的紳士，但生性害羞靈敏，往往僅能驚鴻一瞥。
無污染的水田，是紅冠水雞及白腹秧雞的地盤。白腹秧雞求偶時，「苦哇、苦哇」的嘹亮聲音，日以繼夜不間斷的響徹田間。春、秋時節，赤腹鷹過境；冬季，紅尾伯勞、紅鶽等冬候鳥翩然而至，佔據了草生地的上空；海濱則是鷸行鳥科鳥類的天下。
夜晚，是蘭嶼角鴞活動的時刻，此起彼落「嘟嘟烏」的鳴叫聲，劃破夜空的寧靜。在達悟人的眼中，牠是不吉祥的鳥類，但小巧玲瓏的可愛模樣，現在卻成為遊客夜間觀察時的明星。

在台灣是稀有鳥種，僅偶而出現在東部及恆春半島，但在蘭嶼卻有固定的族群量，而且分佈十分普遍，是數量最多的留鳥之一。
身體灰色，兩頰的耳側呈栗褐色，棕耳鵯因此而得名。大家所熟悉的白頭翁及烏頭翁，可說是他的表兄弟，生態習性十分相似，喜歡在開闊的樹冠層上活動，以各式漿果及昆蟲為食，包括番龍眼、麵包果等。棕耳鵯的個性有些「三姑六婆」，常成群活動，此起彼落的尖銳鳴叫聲十分聒噪。平時聲音多變，只有在求偶時，才會唱出有旋律、比較悅耳的聲音。

主要分佈在菲律賓及南洋群島，在台灣僅侷限分佈在蘭嶼，偶而出現在台東及恆春半島。因此蘭嶼是這種熱帶性鳥類分佈的最北界，也說明了蘭嶼和菲律賓在生態上密切的關係。 
長尾鳩多棲息在濃密的森林中，成對活動，以各種果實為食。40公分的體長有些大而笨重，在飛翔時會發出很大的聲響，但栗褐色的羽毛提供良好的保護色，再加上生性敏感，所以雖然分佈普遍，卻不易觀察。 
繁殖季時，會發出「哇-嗚」的鳴叫聲，而且音量極大，達悟人稱其Ivoao。三月春暖時，會在檳榔樹的莖葉基處及山蘇上築巢育雛。

舊稱黑綬帶或綬帶鳥，在台灣本島屬於稀有的過境鳥，但在蘭嶼為留鳥，並在闊葉林中繁殖。紫綬帶多棲息在森林中靠近水源之處，敏感機靈。公鳥全身藍黑色，眼睛周圍像畫了一圈藍色的眼影般，還拖著一條與身體不成比例的長尾巴，模樣尊貴高雅。而尾巴較短母鳥則相對樸素，赤褐的羽毛提供了良好的保護色，減少被天敵攻擊的機會，才能安心的孵蛋育雛。

個性膽小又孤僻，行動隱密，喜歡獨來獨往。善走不善飛，遇警時迅速奔入密林中躲避，只有在十分情急下才會飛起，不過僅飛數十公尺就落地。白腹秧雞以植物的嫩葉、果實及小魚、水生昆蟲為食，晨昏是活動的高峰期，叫聲為單調的「苦哇-苦哇」，在繁殖季時可以持續數小時以上。
 

蘭嶼角鴞僅分佈於蘭嶼，為特有亞種，達悟人因其「DODOO」的鳴叫聲而稱牠「嘟嘟嗚」！約20公分的嬌小身軀，配上一對「黃黑分明」的大眼睛，模樣十分可愛，不過牠卻是凶猛的獵食者，喜歡盤據在空曠、視野良好的高處，例如海岸林中的棋盤腳樹或電線桿上，捕食昆蟲及壁虎等小動物。
達悟人對蘭嶼角鴞十分忌諱，如果村落裡有人生病，而嘟嘟嗚連著好幾天都在住家附近停棲鳴叫，就是預告病人即將離世，所以被視作不祥之物、是惡靈的化身。