蘭嶼的動物資源包含了台灣及菲律賓兩大生態體系,但又較偏向後者;而海島的隔離環境,又孕育出特有(亞)種,因此呈現與台灣截然不同的鳥類資源。再加上擁有森林、水田、野溪、草地及海岸等多樣複雜的棲地,所以鳥類種類豐富,超過1百種的紀錄。尤其一些台灣不易見到、或特有亞種的鳥類,如黑綬帶、蘭嶼角鴞等,每年皆吸引無數愛鳥人士。
島上的鳥類以留鳥種類佔多數,原始林是蘭嶼鳥類最豐富的地方。在台灣極少見的棕耳鵯及長尾鳩,在蘭嶼卻是分佈普遍的鳥類,前者常成群活動,不時發出聒噪的叫聲;後者因生性敏感,再加上良好的保護色,所以反而不易觀察;還有個子嬌小的巴丹綠繡眼,數量頗多,可以輕易看到他們在枝椏間跳躍的身影。而最令人驚豔的,莫過在島上繁衍後代的著紫綬帶,公鳥泛著光澤的藍黑色羽毛,配上長長的尾羽,猶如尊貴的紳士,但生性害羞靈敏,往往僅能驚鴻一瞥。
無污染的水田,是紅冠水雞及白腹秧雞的地盤。白腹秧雞求偶時,「苦哇、苦哇」的嘹亮聲音,日以繼夜不間斷的響徹田間。春、秋時節,赤腹鷹過境;冬季,紅尾伯勞、紅鶽等冬候鳥翩然而至,佔據了草生地的上空;海濱則是鷸行鳥科鳥類的天下。
夜晚,是蘭嶼角鴞活動的時刻,此起彼落「嘟嘟烏」的鳴叫聲,劃破夜空的寧靜。在達悟人的眼中,牠是不吉祥的鳥類,但小巧玲瓏的可愛模樣,現在卻成為遊客夜間觀察時的明星。
在台灣是稀有鳥種,僅偶而出現在東部及恆春半島,但在蘭嶼卻有固定的族群量,而且分佈十分普遍,是數量最多的留鳥之一。
身體灰色,兩頰的耳側呈栗褐色,棕耳鵯因此而得名。大家所熟悉的白頭翁及烏頭翁,可說是他的表兄弟,生態習性十分相似,喜歡在開闊的樹冠層上活動,以各式漿果及昆蟲為食,包括番龍眼、麵包果等。棕耳鵯的個性有些「三姑六婆」,常成群活動,此起彼落的尖銳鳴叫聲十分聒噪。平時聲音多變,只有在求偶時,才會唱出有旋律、比較悅耳的聲音。
主要分佈在菲律賓及南洋群島,在台灣僅侷限分佈在蘭嶼,偶而出現在台東及恆春半島。因此蘭嶼是這種熱帶性鳥類分佈的最北界,也說明了蘭嶼和菲律賓在生態上密切的關係。
長尾鳩多棲息在濃密的森林中,成對活動,以各種果實為食。40公分的體長有些大而笨重,在飛翔時會發出很大的聲響,但栗褐色的羽毛提供良好的保護色,再加上生性敏感,所以雖然分佈普遍,卻不易觀察。
繁殖季時,會發出「哇-嗚」的鳴叫聲,而且音量極大,達悟人稱其Ivoao。三月春暖時,會在檳榔樹的莖葉基處及山蘇上築巢育雛。
舊稱黑綬帶或綬帶鳥,在台灣本島屬於稀有的過境鳥,但在蘭嶼為留鳥,並在闊葉林中繁殖。紫綬帶多棲息在森林中靠近水源之處,敏感機靈。公鳥全身藍黑色,眼睛周圍像畫了一圈藍色的眼影般,還拖著一條與身體不成比例的長尾巴,模樣尊貴高雅。而尾巴較短母鳥則相對樸素,赤褐的羽毛提供了良好的保護色,減少被天敵攻擊的機會,才能安心的孵蛋育雛。
個性膽小又孤僻,行動隱密,喜歡獨來獨往。善走不善飛,遇警時迅速奔入密林中躲避,只有在十分情急下才會飛起,不過僅飛數十公尺就落地。白腹秧雞以植物的嫩葉、果實及小魚、水生昆蟲為食,晨昏是活動的高峰期,叫聲為單調的「苦哇-苦哇」,在繁殖季時可以持續數小時以上。
蘭嶼角鴞僅分佈於蘭嶼,為特有亞種,達悟人因其「DODOO」的鳴叫聲而稱牠「嘟嘟嗚」!約20公分的嬌小身軀,配上一對「黃黑分明」的大眼睛,模樣十分可愛,不過牠卻是凶猛的獵食者,喜歡盤據在空曠、視野良好的高處,例如海岸林中的棋盤腳樹或電線桿上,捕食昆蟲及壁虎等小動物。
達悟人對蘭嶼角鴞十分忌諱,如果村落裡有人生病,而嘟嘟嗚連著好幾天都在住家附近停棲鳴叫,就是預告病人即將離世,所以被視作不祥之物、是惡靈的化身。